Ο καθαρισμός των ασθενοφόρων απαιτεί εξισορρόπηση της γενικής υγιεινής των οχημάτων με ειδικές απαιτήσεις ιατρικής ασφάλειας. Συνήθως χωρίζεται σε τρία μέρη: εξωτερικός καθαρισμός, εσωτερικός καθαρισμός καμπίνας και απολύμανση ιατρικού εξοπλισμού. Ο εξωτερικός καθαρισμός επικεντρώνεται κυρίως στην αφαίρεση λάσπης, σκόνης και ρύπων. Αυτό επιτυγχάνεται γενικά με το ξέπλυμα με νερό σε συνδυασμό με ένα ουδέτερο απορρυπαντικό, ενώ αποφεύγεται αυστηρά η χρήση χημικών ουσιών υψηλής διάβρωσης για την αποφυγή ζημιάς στη βαφή του οχήματος και στις προειδοποιητικές χαλκομανίες.
Δεδομένου ότι η εσωτερική καμπίνα χρησιμεύει ως χώρος για ιατρικές επεμβάσεις, τα πρότυπα καθαρισμού για αυτόν τον χώρο είναι πολύ πιο αυστηρά. Αμέσως μετά την ολοκλήρωση κάθε αποστολής μεταφοράς ασθενών, τυχόν υπολείμματα ή μολυσματικές ουσίες εντός της καμπίνας πρέπει να αφαιρούνται αμέσως. Επιπλέον, οι επιφάνειες υψηλής-αφής-όπως φορεία, καθίσματα, χειρολισθήρες και δάπεδα-πρέπει να υποβάλλονται σε σχολαστική απολύμανση. Αυτό επιτυγχάνεται συνήθως με το σκούπισμα ή τον ψεκασμό αυτών των επιφανειών με απολυμαντικά που πληρούν τα καθιερωμένα ιατρικά πρότυπα, διασφαλίζοντας έτσι την αποτελεσματική εξάλειψη βακτηρίων και ιών και αποτρέποντας τη διασταυρούμενη-μόλυνση.
Όσον αφορά τον ενσωματωμένο ιατρικό εξοπλισμό-όπως οθόνες ασθενών, απινιδωτές και συστήματα παροχής οξυγόνου-οι εξειδικευμένες διαδικασίες καθαρισμού και απολύμανσης πρέπει να ακολουθούνται αυστηρά σύμφωνα με τα πρωτόκολλα διαχείρισης ιατροτεχνολογικών προϊόντων. Ιδιαίτερη προσοχή πρέπει να δίνεται για να αποτραπεί η διείσδυση υγρών στο εσωτερικό αυτών των συσκευών, τα οποία θα μπορούσαν να θέσουν σε κίνδυνο τη σωστή λειτουργία τους. Επιπλέον, το όχημα πρέπει να υποβάλλεται σε περιοδικό βαθύ καθαρισμό και πλήρη απολύμανση. Συγκεκριμένα, μετά τη μεταφορά ασθενών με μολυσματικές ασθένειες ή την ολοκλήρωση αποστολών που ενέχουν υψηλό κίνδυνο μόλυνσης, πρέπει να εκτελούνται αυστηρά πρωτόκολλα απολύμανσης τερματικού για να διασφαλίζεται ότι το όχημα πληροί με συνέπεια όλες τις απαιτήσεις ασφάλειας για ιατρική χρήση.
